Es el cuerpo colegiado que asesora en diversos temas al Programa Regional. El Consejo Asesor está conformado por personalidades designadas por CONICYT. Para dicha designación se consideran aspectos como la trayectoria y la excelencia académica, pero también es necesario que algunos de los integrantes de este Consejo cuenten, además, con experiencia Regional.

En dicho Consejo, el Director del Programa Regional cumple el rol de Secretario. Actualmente el Consejo Asesor cuenta con ocho integrantes que representan el mundo de la investigación, al ámbito de desarrollo regional, de la educación y del Gobierno.

Presidente de CONICYT - Presidente del Consejo de Desarrollo Tecnológico

José Miguel Aguilera es ingeniero civil industrial (mención Química) de la Pontificia Universidad Católica de Chile (1970). Cuenta con un MBA en Texas A&M University, con un Magíster en Tecnología de Alimentos del Massachusetts Institute of Technology (MIT), y con un doctorado en Ciencia de los Alimentos de Cornell University.

Coordinadora de Ciencia y Tecnología para el Desarrollo Regional en la Subsecretaría de Desarrollo Regional y Administrativo, SUBDERE, del Ministerio del Interior, desde el año 2003. Es Licenciada en Composición Musical de la Universidad de Chile. Durante el desarrollo de su vida laboral ha desarrollado vasta experiencia y competencias en gestión institucional-regional, evaluación de proyectos y gestión de redes con universidades y gobiernos regionales. Contraparte técnica -hasta 2010- del Proyecto con el Gobierno de Japón para el fortalecimiento de la capacidad de gestión de SUBDERE, gobiernos regionales y locales en el ámbito del desarrollo económico territorial y participante de la Mesa interinstitucional para gestionar la Provisión 'Fondo de Innovación para la Competitividad de Aplicación Regional'.

Se desempeña como Director del Centro de Estudios Avanzados en Ecología y Biodiversidad (CASEB, por sus siglas en inglés).

Es Ph.D. en Zoología de la University of California-Berkeley, 1982. Cuenta con especializaciones en ecología comunitaria, estructura gremial, interacción depredador/presa, biodiversidad y especies invasoras. Su programa de investigación se centra en la ecología comunitaria, en el cómo se estructuran las comunidades en gremios y cómo esa estructura es afectada o resiste perturbaciones tales como especies invasoras y eventos climáticos drásticos. Su esfuerzo primario de investigación puede ser sintetizado como "estudios de largo plazo en ecología comunitaria".

Es Ingeniero Civil de la Pontificia Universidad Católica de Chile, con un Magíster en Ciencias de la Ingeniería en la misma universidad y un Master of Science in Management Science/ Operational Research/Finance en London School of Economics.

En su vasta experiencia profesional se cuenta su desempeño actual como Gerente General de ESSBIO S.A., su labor como Gerente General en LANEXPRESS, su rol como Vicepresidente de Planificación Corporativa en LANCHILE. Además, ha sido Gerente de diversas áreas en ENDESA de Argentina, Chile y Perú. A ello se suman múltiples gerencias en el sector privado en Chile y el extranjero.

Posee diversos premios académicos, entre ellos Beca Mejor Tesis de Grado, Corporación de Fomento de La Produccion "Corfo" de la Pontificia Universidad Católica de Chile (1984), La Distinción Máxima Ingeniería Civil en la misma universidad, el mismo año, el Premio Nacional "Marcos Orrego Puelma" del Instituto de Ingenieros de Chile (1985), el Premio Nacional de Ingeniería Hidráulica de La Sociedad Chilena De Ingenieria Hidraulica (1985), la Beca de Postgrado Shell-Chile de la Pontificia Universidad Católica de Chile y la Beca de Postgrado "Compañía Chilena de Tabacos", en London School of Economics.

Profesor Titular del Instituto de Nutrición y Tecnología de los Alimentos (INTA), Universidad de Chile. Además dirige el Laboratorio de Análisis de Transgénicos en Alimentos. Licenciado en bioquímica de la Universidad de Chile con varias estadías como Post-doctoral research fellow en el California Institute of Technology. Posee los máximos niveles académicos en la Universidad Nacional Autónoma de México y en la Universidad de Chile. Entre sus contribuciones destacan descubrimientos en el área de biología molecular, aunque su principal contribución en biotecnología ha sido como el microbiólogo del grupo (Gerencia de Investigación y Desarrollo, Sociedad Minera Pudahuel) que desarrolló un nuevo proceso de biolixiviación de cobre. Este proceso hizo posible la instalación en Chile de las primeras plantas productoras de cobre en el mundo que funcionan exclusivamente en base a biolixiviación. Miembro de la Academia de Microbiología de los Estados Unidos y miembro correspondiente de la Academia de Ciencias de Chile.

Actualmente se desempeña como profesor titular en el Departamento de Ciencias Físicas de la Facultad de Ingeniería, Ciencias y Administración de la Universidad de La Frontera. Licenciado en Física en la Universidad de Concepción, Master en The Johns Hopkins University (USA), Ph. D en la misma universidad. Además, ha sido docente universitario en Chile y el extranjero y participado como científico visitante en distintas instituciones, tanto dentro como fuera del país. Durante su trayectoria ha recibido numerosos premios y distinciones, entre los que se cuentan el Premio Universidad de Concepción (Chile), el Gilman Fellowship (USA), el Fulbright Award (USA), la Beca de Periodo Sabático de la Fundación Andes (Chile) y la "Medalla Rectoría" Universidad de La Frontera (Chile). A ello se agregan múltiples membresías en distintos comités científicos y su membresía en la Sociedad Chilena de Física, de la cual ha sido presidente, y de la American Physical Society. A la vez, ha participado en numerosas publicaciones y conferencias.

Actualmente es Sub Director de Innovación Precompetitiva y de Interés Público de INNOVA CHILE de CORFO. Es Ingeniero Civil Matemático de la Universidad de Chile y cuenta con Máster y un Doctorado en Informática en la Universidad de París 6, Francia. A ello se suma un postítulo en Gestión de Empresas en el Departamento de Ingeniería Industrial de la Universidad de Chile. Anteriormente fue Sub- Director de Innovación Empresarial y de TICS de INNOVA CHILE de CORFO. Además se ha desempeñado en cargos de gerencia en el sector privado siendo socio y gerente de una empresa líder en el desarrollo del ebusiness y de la seguridad NORTH SUPPLY BUSINESS y de una empresa de Marketing multimedial MULTINET.

Ingeniero Civil Químico de la Universidad de Chile, posee los grados académicos de Master en Ciencias Aplicadas de la Universidad de Toronto, Canadá y Doctor (PhD) en Ingeniería Química del Imperial College, Londres, Inglaterra. Cuenta con 34 años de experiencia profesional en el campo de la investigación científica y tecnológica, proyectos de ingeniería y desarrollo, y en la dirección superior de Centros de Investigación, empresas y negocios. Además, se ha desempañado como Profesor Titular en la Universidad de Chile, Director Ejecutivo del Centro de Investigación Minera y Metalúrgica de Chile (CIMM) y como investigador responsable de proyectos y programas de innovación. Desde el año 2002, es el Gerente General de BioSigma S.A., empresa de biotecnologías para la minería.

Actual Coordinador del Programa Regiones de la División de Innovación del Ministerio de Economía. Es ingeniero civil industrial con mención en química de la Universidad Católica de Chile y Magíster en Gestión y Dirección de Empresas de la Universidad de Chile. Ha participado en el diseño y ejecución de la política nacional de innovación y de su implementación a nivel regional colaborando en el diseño de instrumentos y programas con las agencias nacionales de desarrollo, ciencia y tecnología y en la generación de redes entre instituciones publicas y privadas. En el ámbito universitario, ha ocupado cargos directivos y ha sido responsable de dar soporte en áreas de gestión del conocimiento, planificación, informática, recursos humanos, operaciones y finanzas, realizando proyectos de modernización y de inversión en infraestructura y tecnología. Ha sido Director y Presidente del Centro Tecnológico Minero SA, y de UVirtual SA.