El CIEP fue creado en el marco del Tercer Concurso de Creación de Consorcios de Investigación y Desarrollo en el año 2004
Se espera que el Centro apoye: la consolidación de la investigación en ecosistemas acuáticos y terrestres, en particular para determinar el impacto del cambio climático en los ecosistemas regionales; la promoción del desarrollo de actividades productivas sustentables, en particular en los sectores acuicultura, turismo y pesca artesanal; la intensificación de la investigación aplicada, el traspaso de conocimiento científico a la sociedad regional y el mejoramiento de la calidad del conocimiento de sus ecosistemas. | 
