El Programa Regional se encuentra implementando un Sistema Regional de CIT, sistema que considera las posibilidades estratégicas de cada Región del país y que busca generar información en relación al escenario actual de la Ciencia, la Innovación y la Tecnología en la diversidad del territorio chileno.

Por medio de él, se pretende desarrollar un mapa de diferentes instancias que permitan potenciar la articulación y el posicionamiento de la Ciencia, la Innovación y la Tecnología.

Además, posibilitará el reconocimiento en cada región de áreas o líneas de investigaciones prioritarias y de los distintos tipos de actores - públicos o privados - involucrados en las mismas.