Tras casi cuatro años de funcionamiento y tal como se contemplaba en el proyecto que dio vida al CEQUA, el Ministerio de Justicia de Chile otorgó la Personalidad Jurídica y aprobó los estatutos del "Centro de Estudios del Cuaternario de Fuego-Patagonia y Antártica - Fundación CEQUA", de Punta Arenas, con fecha 13 de diciembre de 2005.

Durante el mes de enero 2006 se iniciará el traspaso desde la Universidad de Magallanes, entidad que desde el inicio del Centro ha sido la Unidad Ejecutora del proyecto, a la administración de la Fundación CEQUA, de todo el patrimonio adquirido durante el desarrollo del proyecto y del sistema administrativo que lo sustentó.

Con la personería jurídica, la Fundación CEQUA se consolidará como un Centro Regional Independiente, que puede generar sus propios proyectos y recursos.